工程物理系是为了培养理工结合的新型人才，开创和发展我国的原子能科学技术，于1956年成立的。设有核技术及应用、技术物理、核能科学与工程管理、医学物理与工程、近代物理5个研究所。覆盖核科学与技术、物理学2个一级学科和1个博士后流动站。现有在编教职工80余人。

工程物理系坚持“理工结合、又红又专”的人才培养理念，不断改革创新，培养输送大批高素质、高质量、具有国际化视野的核领域卓越人才，在校生总体保持1300余人的规模，其中，本科生500余人，研究生700余人。

工程物理系始终坚持教学与科研相长，数理与工程结合，前沿与产业并重，形成独具特色的工科发展模式。工程物理系抓住国家创新驱动发展战略机遇期，面向学科前沿与响应国家重大需求;注重顶层设计，加强队伍建设、人才培养、科学研究与产学研用的有机联系;建设一批一流科学平台与科研基地，巩固与培育若干学科制高点，形成学术影响力与行业产业引领力。