工程物理系设有核技术及应用、技术物理、核能科学与工程管理、安全科学与技术、医学物理与工程、近代物理6个研究所。覆盖核科学与技术、安全科学与工程、物理学3个一级学科,拥有7个二级学科、7个博士点、10个硕士点和1个博士后流动站;其中,核科学与技术一级学科是清华大学的传统和优势学科,连续三次在全国一级学科评估中排名第一。
    工程物理系坚持“理工结合、又红又专”的人才培养理念,不断改革创新,以培养输送大批高素质、高质量、具有国际化视野的核领域卓越人才为目标,在校生总体保持在1400余人的规模,其中,本科生600余人,研究生800余人。
    工程物理系在编教职工118人,其中,具有正高级职称37人,副高级职称66人,包括中国工程院院士1人,教育部长江学者特聘教授3人,国家千人计划(长期项目)入选者1人,获国家杰出青年科学基金资助7人、优秀青年科学基金资助3人,国家青年千人计划入选者4人,国家万人计划4人。
    工程物理系承担和完成了国家科技支撑计划、973、863、国家自然科学基金等一大批国家重大、重点科研项目,同时积极联合企事业单位开展合作科学研究。自2004年以来,年度科研经费均超过亿元。
    工程物理系积极探索产学研一体的技术创新体制机制,在安全检测技术、公共安全应急技术方面成功实现了成果转化。工程物理系取得了一系列重大科技奖励,近十年荣获科技奖励46项,包括国家科学技术进步奖(创新团队)(2013 年)、国家技术发明奖一等奖(2010 年)、国家科学技术进步奖一等奖两项(2003 年、2010 年)。